Neo ist der Auserwählte und kann die Matrix nach seinen Vorstellungen gestalten. Er will die Menschen aus ihrer Traumwelt befreien und so die herrschenden Maschinen besiegen. Nur wenn er den Schlüsselmacher findet, kann er die Quelle der Matrix erreichen. Doch auf der Suche treten ihm mit dem verwandelten Agent Smith, der sich beliebig vervielfältigen kann, und dem Merowinger neue gefährliche Gegner in den Weg.