Italien im 17. Jahrhundert: Als die Pest im Land wütet, tritt Benedetta Carlini als Novizin in das Kloster bei Pescia ein. Nach einigen Jahren dort hat sie während eines Theaterspiels, in dem sie die Jungfrau Maria verkörpert, die erste Vision, dass Jesus sie ruft. Ähnliche Erscheinungen suchen sie auch danach heim. In einer ist es Jesus persönlich, der sie vor einer Vergewaltigung durch eine Bande bewahrt. In der Zwischenzeit zieht das Bauernmädchen Bartolomea ins Kloster. Es kommt zu einer erotischen Annäherung zwischen den beiden Frauen. Bartolomea kümmert sich um Benedetta, als diese von Visionen geplagt schwer erkrankt. Eines Tages wacht Benedetta mit Stigmata an Händen und Füßen auf. Trotz anfänglicher Zweifel an deren Echtheit steigt Benedetta als "Auserwählte Gottes" und durch eine geschickte Inszenierung ihrer selbst zur Äbtissin auf. Von nun an genießt sie Privilegien in der Ordensgemeinschaft, die ihr ein heimliches Doppelleben erleichtern: Sie lässt sich von Bartolomea in die Geheimnisse körperlicher Lust einführen. Doch die ehemalige Klostervorsteherin Felicita kommt dem verbotenen Treiben auf die Spur. Der Nuntius des Papstes persönlich nimmt sich des Falls an. Besonders Benedetta droht der Tod auf dem Scheiterhaufen.