Zwei Jahre, nachdem sich die Mystery AG nach einem Streit auflöste, werden Scooby-Doo und seine cleveren Kameraden Fred, Daphne, Shaggy und Velma auf die super-coole Vergnügungsinsel "Spooky Island" gerufen. Der Besitzer Emile Mandavarious bittet die fünf Freunde, eine Reihe übernatürlicher Zwischenfälle aufzuklären, noch bevor die mysteriösen Geschehnisse an die Öffentlichkeit gelangen und die Besucher vergraulen. Wird die Gang es schaffen, ihre persönlichen Differenzen zu überwinden und alles zu vergessen, was sie bisher über falsche Geister und fiese Dämonen zu wissen meinten? Werden sie den Fall lösen können und damit nicht nur sich selbst, sondern auch die Welt retten?